La période précédant la fondation officielle de 1966 est identifiée comme « la préhistoire de l’université de Rouen » par Anne Bidois, historienne spécialiste du sujet. L’enseignement supérieur est en effet déjà installé à Rouen depuis le début du XIXe siècle.

Ainsi, de nombreuses écoles, collèges et facultés voient le jour, évoluent ou disparaissent entre les XIXe et XXe siècles.

La concurrence est alors parfois féroce avec les universités de Caen et de Paris, géographiquement proches.

L’université de Rouen se trouve au cœur de la contestation des « années 1968 ». Cette dernière cumule des revendications de société, comme la protestation contre la guerre du Vietnam, et des contestations proprement universitaires. À l’issue du mouvement, la loi Faure de novembre 1968 vient réformer les universités et leur octroie une autonomie nouvelle, ainsi qu’une tutelle sur les anciennes facultés.

Au tournant des années 60 – 70, l’université de Rouen dispose d’un encadrement en personnels d’enseignement et administratif assez limité. Les subventions de l’État sont jugées insuffisantes, alors que le nombre d’étudiants s’accroît rapidement :

• Moins de 9 000 étudiants en 1968 ;
• Plus de 10 000 en 1969.

À cette époque, le président Maurice Maisonnet se tourne vers les collectivités territoriales, principalement le Département de Seine-Maritime, pour trouver des financements.

À partir de 1976, le second président, Paul Rollin, mènera une politique volontariste de structuration de l’université, visant à éviter le morcellement des structures de recherche rouennaises. On retiendra entre autres la création du CORIA en 1978 et celle de l’IRED en 1979. L’université achève par ailleurs de s’ouvrir sur le monde, avec la création du Service des Relations internationales en 78.

À partir de 2007, le président Cafer Özkul engage l’établissement dans un processus de modernisation. Parmi les nombreuses actions entreprises, citons les suivantes :

• Cartographier l’immobilier universitaire ;
• Refondre les systèmes d’information de l’université ;
• Mettre en place une démarche qualité.

Le passage aux responsabilités et compétences élargies de l’université de Rouen, en 2011, s’accompagne de nombreux audits, qui prennent acte de la modernisation de l’établissement.

En 2013, dans le cadre de la loi relative à l’enseignement supérieur et la recherche, la réflexion est relancée autour de l’articulation de l’ESR sur les territoires. À l’échelle de la future grande région normande, la communauté d’universités et d’établissements « Normandie Université » est officiellement créée en 2015, avec Joël Alexandre comme premier président. Cette structure fait suite à un historique de coopération sous diverses formes, qui remonte à la fin des années 90, avec notamment le Pôle de Recherche et d’Enseignement Supérieur (PRES) en 2011.

Les coopérations entre établissements normands sont anciennes et fortes. Elles permettent de dépasser les rivalités historiques, de candidater aux « investissements d’avenir » et d’obtenir des laboratoires d’excellence ou de grands équipements scientifiques.

L’université entretient également des relations étroites avec les autres établissements à l’échelle de la métropole rouennaise, dans le cadre de la Conférence de l’enseignement supérieur de l’agglomération de Rouen (CESAR), depuis 2008.